一、電滲析是利用電能來遷移離子在分離的，當(dāng)水中含鹽量較低時(shí)，水的電阻率就較高，此時(shí)電滲析器的極限電流值也較小，電滲析運(yùn)行易于產(chǎn)生極化。因此一般認(rèn)為水中含鹽量小于10－50mg/L。不像離子交換法可以深度除鹽，獲得超純水；
二、電滲析對(duì)離解度小的鹽類和不離解的物質(zhì)難以去除，例如對(duì)水中的硅酸就不能去年，對(duì)碳酸根的遷移率就小一些，對(duì)不離解的有機(jī)物就去除不掉。不像離子交換法可以去除硅酸鹽，不像反滲透去除物質(zhì)的范圍要廣泛得多；
三、某些高價(jià)金屬離子和有機(jī)物會(huì)污染離子交換膜，降低除鹽效率。
四、電滲析器是由幾十到幾百張極薄的隔板和膜組成，部件多，組裝較繁，一個(gè)部件局部出問題即要影響到整體。
五、電滲析是使水流在電場中渡過，當(dāng)施加到一定電壓后，靠近膜面的水的清水啟動(dòng)中，電解質(zhì)的含量變得極小，從而水的離解度增大，易產(chǎn)生極化、結(jié)垢和中性擾亂現(xiàn)象，這是電滲析運(yùn)行中較難掌握又必須重視的問題。