受城市污水排放和農田徑流的影響，大量氮、磷等營養成分排入水體，致使水體富營養化，藻類過量繁殖。特別是我國南方地區的一些湖泊和水庫水，由于陽光充足、溫度較高，藻類成為主要問題。

    水中藻類嚴重影響給水處理效果，主要表現在以下幾方面：藻類一般帶負電，具有較高的穩定性，難于混凝；藻類比重小，沉淀效果差；此外，藻類會粘附在濾料表面，縮短濾池的過濾周期，造成濾池頻繁反沖洗；藻類在代謝過程中產生多種嗅味，使水難于飲用；某些藻類尺寸很小，可穿透濾池進入到給水管網中，影響管網內水質；藻類也是典型的氯化消毒副產物前驅物質，在后續消毒過程中與氯作用生成三氯甲烷等多種有害副產物、增加水的致突變活性。

    一些藻類（如藍藻）在代謝過程中產生藻毒素，嚴重威脅人畜健康。某些藻毒素可引起慢性病（如肝炎），嚴重者甚至可以導致死亡。

    雖然預氯化可有效地強化現行給水處理工藝的除藻效率，但由于在預氯化過程中，氯與原水中較高濃度的有機物作用會生成一系列對人體危害較大的鹵代有機副產物，因而此工藝逐漸被各國所限制。